Thuê gia công lại, có mất quyền hoàn thuế nhập khẩu?

Tài nguyên
Thuê gia công lại, có mất quyền hoàn thuế nhập khẩu?
Ngày đăng: 02/10/2026

    Một quyết định thu hồi thuế có thể khiến doanh nghiệp phải hoàn trả hàng tỷ đồng. Nhưng trong nhiều trường hợp, vấn đề đáng lo hơn không nằm ở số tiền, mà ở cách cơ quan hải quan nhìn nhận chính mô hình sản xuất của doanh nghiệp.

    Nếu nguyên liệu nhập khẩu đã thực tế đi vào sản phẩm xuất khẩu, nhưng một phần công đoạn được thuê doanh nghiệp khác thực hiện, doanh nghiệp có còn được hoàn thuế nhập khẩu đã nộp hay không?

     

    Vấn đề pháp lý thực sự vì vậy không phải hàng hóa đã xuất khẩu hay chưa.

     

    Đây đang là một khoảng giao thoa không dễ xử lý giữa bản chất của hoạt động sản xuất và điều kiện pháp lý của chính sách hoàn thuế.

    Từ một quyết định thu hồi hơn 8,8 tỷ đồng

    Một trường hợp thực tế cho thấy rõ vấn đề.

    Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu theo loại hình A12, nộp thuế nhập khẩu và đưa nguyên liệu vào sản xuất hàng xuất khẩu. Trong quá trình đó, một phần nguyên liệu được giao cho công ty con do doanh nghiệp sở hữu 100% để thực hiện một số công đoạn gia công theo hợp đồng đã thông báo với cơ quan hải quan. Sau gia công, doanh nghiệp nhận lại sản phẩm và trực tiếp xuất khẩu ra nước ngoài theo loại hình E62.

    Doanh nghiệp được hoàn thuế nhập khẩu. Tuy nhiên, khi kiểm tra sau hoàn, cơ quan hải quan cho rằng doanh nghiệp không trực tiếp thực hiện toàn bộ quá trình sản xuất mà thuê đơn vị khác gia công một số công đoạn, từ đó quyết định thu hồi hơn 8,8 tỷ đồng tiền thuế đã hoàn.

    Vấn đề pháp lý thực sự vì vậy không phải hàng hóa đã xuất khẩu hay chưa. Điều cần làm rõ là: việc thuê ngoài một phần quá trình sản xuất có làm doanh nghiệp mất quyền hoàn thuế hay không?

    Một công đoạn được thuê ngoài có thể thay đổi quyền hoàn thuế?

    Điểm d khoản 1 Điều 19 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và Điều 36 Nghị định 134/2016/NĐ-CP đặt ra cơ chế hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế, sau đó được đưa vào sản xuất hàng hóa xuất khẩu và sản phẩm thực tế đã được xuất khẩu.

    Nhưng điều kiện không dừng ở kết quả cuối cùng là “hàng đã xuất khẩu”.

    Khoản 3 Điều 36 còn yêu cầu tổ chức, cá nhân sản xuất hàng hóa xuất khẩu phải (1) có cơ sở sản xuất trên lãnh thổ Việt Nam; có quyền sở hữu hoặc sử dụng máy móc, thiết bị phù hợp; (2) nguyên liệu được hoàn thuế phải là lượng thực tế sử dụng để sản xuất sản phẩm thực tế xuất khẩu; (3) sản phẩm phải làm thủ tục theo loại hình sản xuất xuất khẩu; và (4) tổ chức, cá nhân phải trực tiếp hoặc ủy thác nhập khẩu hàng hóa, xuất khẩu sản phẩm.

    Vì vậy, lập luận “nguyên liệu cuối cùng đã đi vào hàng xuất khẩu nên đương nhiên được hoàn thuế” là chưa đủ. Nhưng chiều ngược lại cũng cần được đặt vấn đề: Quy định tại Điều 36 có thực sự yêu cầu doanh nghiệp phải tự mình thực hiện toàn bộ các công đoạn tạo ra sản phẩm hay không?

    Đây mới là điểm khó phân định rõ ràng. Một doanh nghiệp có thể sở hữu nhà máy, máy móc, nguyên liệu, kiểm soát quy trình sản xuất và trực tiếp xuất khẩu sản phẩm nhưng vẫn thuê một doanh nghiệp khác thực hiện một công đoạn chuyên biệt. Trong sản xuất hiện đại, điều đó không phải ngoại lệ. Bởi vậy, thay vì chỉ hỏi “doanh nghiệp có thuê gia công hay không”, cần hỏi chính xác hơn:

    Việc thuê gia công đã làm doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện cụ thể nào của Điều 36?

    Nếu không xác định được điều kiện đó, việc suy từ “có thuê gia công” sang “không được hoàn thuế” cần được xem xét thận trọng.

    Khoảng cách giữa miễn thuế và hoàn thuế

    Điểm đáng chú ý nhất nằm ở chính cấu trúc của Nghị định 134/2016/NĐ-CP.

    Điều 12, sau khi được sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP, điều chỉnh trường hợp miễn thuế đối với nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu và đã trực tiếp dự liệu việc thuê sản xuất, gia công lại trong nước.

    Theo đó, khi đáp ứng các điều kiện luật định, người nộp thuế có thể giao hàng hóa nhập khẩu hoặc bán thành phẩm cho tổ chức khác thực hiện một hoặc nhiều công đoạn, sau đó nhận lại để tiếp tục sản xuất hoặc xuất khẩu. Pháp luật thậm chí dự liệu trường hợp giao hàng hóa cho tổ chức mà người nộp thuế sở hữu trên 50% vốn để sản xuất, gia công rồi nhận lại sản phẩm để xuất khẩu. Hướng dẫn của Tổng cục Hải quan sau Nghị định 18/2021/NĐ-CP cũng xác nhận cơ chế thuê gia công lại này.

    Trong khi đó, Điều 36 về hoàn thuế đối với nguyên liệu nhập khẩu đã nộp thuế lại không có quy định tương ứng rõ ràng về việc thuê gia công lại.

    Không thể vì Điều 12 cho phép mà mặc nhiên áp dụng cơ chế đó sang Điều 36. Miễn thuế và hoàn thuế là hai chế định khác nhau.

    Nhưng chính sự khác biệt này tạo ra một câu hỏi đáng suy nghĩ: cùng một nguyên liệu, cùng được sử dụng để sản xuất sản phẩm xuất khẩu, cùng một mô hình thuê ngoài công đoạn sản xuất, tại sao cách thức nhập khẩu – miễn thuế ngay từ đầu hay nộp thuế rồi xin hoàn – có thể dẫn tới hệ quả thuế khác nhau?

    Thực tiễn cho thấy đây không chỉ là câu hỏi lý thuyết. Tổng cục Hải quan từng hướng dẫn rằng Điều 36 không quy định hoàn thuế đối với trường hợp doanh nghiệp nhập nguyên phụ liệu, sản xuất bán thành phẩm rồi giao doanh nghiệp khác gia công, hoàn thiện trước khi nhận lại sản phẩm để xuất khẩu[1].

    Như vậy, rủi ro của doanh nghiệp nằm chính ở khoảng cách giữa hai cơ chế.

    Đây cũng là lý do doanh nghiệp không nên xây dựng hồ sơ giải trình đơn thuần trên lập luận rằng “hàng cuối cùng đã xuất khẩu” mà cần giải thích trực tiếp rằng cơ quan hải quan đang dựa vào điều kiện nào của Điều 36; hoạt động thuê ngoài đã làm điều kiện đó không còn được đáp ứng như thế nào; và cách hiểu đó có thực sự xuất phát từ nội dung của quy định hay từ việc Điều 36 chưa dự liệu rõ mô hình sản xuất nhiều công đoạn.

     

    Nguồn: Báo Điện tử Chính phủ

     

    Chứng cứ chứng minh mang tính quyết định

    Ngay cả khi tồn tại cơ sở để tranh luận về cách hiểu Điều 36, doanh nghiệp vẫn phải trả lời được câu hỏi quan trọng nhất: nguyên liệu nhập khẩu thực tế đã đi đâu?

    Chuỗi chứng từ phải cho phép truy xuất xuyên suốt: nhập khẩu → nhập kho → sản xuất → giao gia công → nhận lại → tiếp tục sản xuất nếu có → xuất khẩu.

    Không chỉ dòng hàng phải khớp. Quyền sở hữu nguyên liệu, định mức, phiếu xuất – nhập kho, hợp đồng gia công, chứng từ giao nhận, báo cáo quyết toán, tờ khai xuất khẩu và hồ sơ kế toán cũng phải chứng minh rõ ràng nguồn gốc và dòng di chuyển của sản phẩm.

    Đặc biệt, doanh nghiệp phải chứng minh được ai sở hữu nguyên liệu trong thời gian gia công; đơn vị nhận gia công có quyền định đoạt hay chỉ thực hiện công đoạn theo yêu cầu; doanh nghiệp nhận lại sản phẩm nào; hao hụt và phế liệu được xử lý ra sao; và lượng nguyên liệu đề nghị hoàn thuế có thực sự cấu thành sản phẩm đã xuất khẩu hay không.

    Trong tranh chấp hải quan, chứng cứ pháp lý đủ mạnh sẽ giúp doanh nghiệp chứng minh được bản chất của hoạt động kinh doanh.

    Khi đã có quyết định thu hồi, doanh nghiệp nên làm gì?

    Việc đầu tiên không nên là tiếp tục gửi những công văn giải trình rời rạc.

    Doanh nghiệp cần dựng lại toàn bộ vụ việc trên một bảng đối chiếu gồm ba cột: (i) điều kiện pháp luật; (ii) nhận định của cơ quan hải quan; (iii) chứng cứ của doanh nghiệp.

    Từ đó, cần xác định chính xác cơ quan hải quan đang cho rằng doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện nào của Điều 36. Nếu vấn đề nằm ở cơ sở sản xuất, máy móc, định mức hoặc khả năng truy xuất nguyên liệu, doanh nghiệp phải tập trung chứng minh những yếu tố đó.

    Nếu vấn đề duy nhất nằm ở việc một công đoạn được thuê ngoài, doanh nghiệp cần làm rõ căn cứ pháp lý nào biến việc thuê ngoài đó thành lý do mất quyền hoàn thuế, đồng thời đánh giá đầy đủ thực tiễn hướng dẫn của cơ quan hải quan đang tồn tại theo hướng bất lợi.

    Nếu vấn đề chỉ là sai sót thủ tục, cần tiếp tục phân biệt: đó là một nghĩa vụ quản lý có thể dẫn đến xử phạt hay thực sự là điều kiện khiến quyền hoàn thuế không phát sinh.

    Chỉ sau khi trả lời được những câu hỏi này, doanh nghiệp mới có cơ sở lựa chọn giữa chấp hành quyết định, khiếu nại hoặc khởi kiện hành chính.

    Có thể thấy chuỗi sản xuất hiện đại không còn nằm trọn trong một nhà máy. Vì vậy, doanh nghiệp không thể thiết kế chuỗi cung ứng theo logic sản xuất rồi đến cuối cùng mới kiểm tra hệ quả thuế. Cấu trúc sản xuất và cấu trúc thuế phải được tính toán cùng nhau ngay từ đầu.

    Một quyết định thu hồi thuế có thể bắt đầu từ một công đoạn được thuê ngoài, nhưng vấn đề pháp lý không nên dừng ở việc ai thực hiện công đoạn đó. Điều cần xác định là việc thuê ngoài đã làm thay đổi điều kiện nào của quyền hoàn thuế. Bởi bản chất kinh tế không thể thay thế điều kiện pháp luật; nhưng một điều kiện pháp luật cũng không nên được mở rộng chỉ bằng cách diễn giải. Khoảng cách giữa hai điều đó chính là nơi doanh nghiệp phải tìm câu trả lời trước khi quyết định trả lại tiền – hay bảo vệ khoản thuế đã được hoàn.