Sự phức tạp của nghĩa vụ thuế khi chuyển nhượng nhà xưởng trong khu công nghiệp

Giao dịch “chuyển nhượng nhà xưởng trong khu công nghiệp” trong đa số trường hợp bị cơ quan thuế coi là thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, ngay cả khi hợp đồng ghi nhận “chỉ chuyển nhượng nhà xưởng” – Tài sản gắn liền với đất mà không ghi nhận giao dịch là chuyển nhượng nhà/công trình gắn liền với đất hoặc tài sản gắn liền với đất. Việc này cho thấy, giao dịch này vẫn chưa được hiểu và thống nhất trong cách thực hiện giữa các bên có liên quan vô hình trung đã tạo nên những rủi ro cho doanh nghiệp trong quá trình chuyển nhượng.

Công nhân làm việc trong khu nhà xưởng cao tầng tại Khu chế xuất Tân Thuận (TP.HCM). Nguồn: Tuổi trẻ

Các nghĩa vụ thuế khi chuyển nhượng nhà xưởng

Thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

Khi giao dịch đã xác định và phân loại giao dịch chuyển nhượng nhà xưởng là chuyển nhượng bất động sản thì: Thuế TNDN áp dụng thuế suất 20% và phải xác định riêng, không được bù trừ với thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh theo quy định của Luật TNDN 2025 và Nghị định 320/2025.

Thuế Giá trị gia tăng (GTGT)

Về thuế GTGT, nguyên tắc mới theo Luật GTGT 2024 là thuế suất phổ biến 10%; đối với kinh doanh bất động sản, giá tính thuế = giá bán chưa VAT – “giá đất được trừ” (tiền sử dụng đất/tiền thuê đất nộp NSNN). Rủi ro lớn nhất trong giao dịch chuyển nhượng nhà xưởng trong khu công nghiệp là không chứng minh được “giá đất được trừ”, đặc biệt trong mô hình thuê/thuê lại đất khi tiền trả cho chủ đầu tư hạ tầng không đồng nhất với tiền nộp NSNN”, dẫn đến VAT bị tính trên toàn bộ giá chuyển nhượng. 

Lệ phí trước bạ

Lệ phí trước bạ chủ yếu là nghĩa vụ của bên nhận chuyển nhượng khi đăng ký quyền sở hữu nhà, quyền sử dụng đất; nhà, đất chịu lệ phí trước bạ với mức chuẩn 0,5%, nhưng có các trường hợp miễn như trường hợp đất thuê của Nhà nước trả tiền thuê đất hàng năm[1]. Do cấu trúc giao dịch và hồ sơ đất trong KCN rất đa dạng, việc “tách cấu phần đất – nhà xưởng – máy móc” trong hợp đồng, hồ sơ pháp lý đất và hồ sơ chi phí là trọng tâm để giảm rủi ro bị truy thu. 

Áp dụng ưu đãi thuế khi chuyển nhượng nhà xưởng từ quy định đến hướng dẫn của cơ quan thuế

Ngày 27/9/2024, Cục Thuế tỉnh Quảng Nam ban hành Công văn 7843/CTQNA-TTHT để hướng dẫn Công ty Cổ phần Phạm Minh Gia về ưu đãi thuế TNDN đối với dự án nhà xưởng cho thuê trong KCN[2] với nội dung: (i) Xác định phạm vi “thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản”, trong đó có thu nhập từ cho thuê lại đất của doanh nghiệp kinh doanh bất động sản và loại trừ “không bao gồm trường hợp doanh nghiệp chỉ cho thuê nhà/công trình kiến trúc trên đất”; (ii) Khẳng định không áp dụng ưu đãi thuế và không áp dụng thuế suất ưu đãi đối với thu nhập từ chuyển nhượng vốn và chuyển nhượng bất động sản; (iii) kết luận dự án điều chỉnh từ dự án cũ nên không phải dự án đầu tư mới để hưởng ưu đãi theo quy định hiện hành. 

Công văn này cho thấy cách hiểu và cách quản lý rủi ro của cơ quan thuế đối với mô hình “thuê đất – xây nhà xưởng – cho thuê/cho thuê lại – chuyển nhượng”. Vì vậy, nghĩa vụ thuế lúc “chuyển nhượng nhà xưởng”, cần phân loại đúng giao dịch có gắn với quyền sử dụng đất hay không hay thuộc trường hợp cho thuê lại đất nhà xưởng, công trình trên đất. 

Khung pháp lý hiện hành cho các giao dịch phát sinh từ 1/10/2025 (thời điểm Luật TNDN 2025 có hiệu lực) là thuế suất TNDN phổ thông 20%, và các quy định ưu đãi, điều kiện hưởng và các trường hợp loại trừ được nêu chi tiết trong Luật TNDN 2025 và Nghị định 320/2025/NĐ-CP hướng dẫn chi tiết luật này (Nghị định 320). 

Về phân loại thu nhập chuyển nhượng nhà xưởng trong KCN, Nghị định 320 quy định “thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản” bao gồm (1) chuyển nhượng quyền sử dụng đất, quyền thuê đất; (2) thu nhập từ hoạt động cho thuê/cho thuê lại quyền sử dụng đất của doanh nghiệp kinh doanh bất động sản; và đặc biệt (3) thu nhập từ chuyển nhượng nhà, công trình xây dựng gắn liền với đất… không phân biệt có hay không có chuyển nhượng quyền sử dụng đất/quyền thuê đất, cùng với (4) thu nhập từ chuyển nhượng tài sản gắn liền với đất và (5) chuyển nhượng quyền sở hữu nhà/công trình kiến trúc trên đất. Quy định này khiến trường hợp “chỉ bán nhà xưởng” về mặt thuế TNDN vẫn có khả năng bị coi là chuyển nhượng bất động sản. 

Nguyên tắc loại trừ theo quy định hiện hành thì thuế suất 15%/17% và các ưu đãi (thuế suất ưu đãi, miễn giảm) không áp dụng đối với thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư và một số trường hợp khác. Do đó, dù doanh nghiệp đang có hoạt động sản xuất trong KCN được hưởng ưu đãi theo địa bàn hoặc dự án đầu tư, thì phần thu nhập từ chuyển nhượng nhà xưởng khi được coi là chuyển nhượng bất động sản vẫn bị tách ra và không được hưởng ưu đãi thuế TNDN. 

Về doanh thu tính thuế và cơ chế chống định giá thấp, Nghị định 320 quy định doanh thu chuyển nhượng bất động sản theo giá thực tế theo hợp đồng. Riêng cấu phần quyền sử dụng đất, nếu giá theo hợp đồng thấp hơn giá đất do UBND cấp tỉnh/thành phố quy định tại thời điểm ký hợp đồng, cơ quan thuế sẽ lấy theo giá đất do địa phương quy định. Đồng thời, thời điểm xác định doanh thu tính thuế là thời điểm bên bán bàn giao bất động sản cho bên mua, không phụ thuộc việc đã đăng ký quyền sở hữu/quyền sử dụng hay chưa. 

Về chi phí được trừ, Nghị định 320 yêu cầu chi phí của hoạt động chuyển nhượng bất động sản phải tương ứng với doanh thu và phù hợp điều kiện chi phí được trừ; chi phí “giá vốn đất” phụ thuộc nguồn gốc đất. Trường hợp nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất/quyền thuê đất từ tổ chức cá nhân khác thì giá vốn căn cứ hợp đồng và chứng từ trả tiền hợp pháp; nếu không có hợp đồng và chứng từ hợp pháp, giá vốn có thể bị ấn định theo giá đất do địa phương quy định. Cơ chế này thực chất là để chống các bên tham gia giao dịch nâng chi phí/khống chi phí.  Lưu ý trường hợp doanh nghiệp đồng thời có thu nhập ưu đãi và thu nhập chuyển nhượng bất động sản, doanh nghiệp được yêu cầu hạch toán riêng chi phí; nếu không hạch toán riêng được, chi phí chung phân bổ theo tỷ lệ doanh thu chuyển nhượng bất động sản trên tổng doanh thu.

Nguồn: KCN Việt Nam

Lưu ý cho doanh nghiệp

Về kế toán thuế TNDN, Luật TNDN 2025 quy định nguyên tắc xác định thu nhập tính thuế và cho phép bù trừ lãi – lỗ giữa các hoạt động, nhưng đồng thời nêu ngoại lệ quan trọng: thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư… không bù trừ với thu nhập của hoạt động sản xuất – kinh doanh đang hưởng ưu đãi, và về thực hành phải “tách sổ/tách chỉ tiêu” để quyết toán đúng. 

Nghị định 320 cụ thể hóa nghĩa vụ hạch toán riêng chi phí khi doanh nghiệp vừa có hoạt động chuyển nhượng bất động sản vừa có hoạt động khác, kể cả hoạt động đang hưởng ưu đãi như sau: nếu không hạch toán riêng được, chi phí chung phân bổ theo tỷ lệ doanh thu. Vì vậy, trong giao dịch chuyển nhượng nhà xưởng, doanh nghiệp nên chuẩn bị trước phương án phân bổ: ít nhất tách được chi phí trực tiếp như chi phí xây dựng nhà xưởng, chi phí PR/hoa hồng môi giới, chi phí pháp lý chuyển nhượng và xác định rõ phần chi phí/giá vốn liên quan đến đất theo hồ sơ đất. 

Về kê khai và thời hạn, Luật Quản lý thuế 2019 quy định: hồ sơ khai thuế theo tháng nộp chậm nhất ngày 20 tháng sau; theo quý chậm nhất ngày cuối cùng của tháng đầu quý sau; hồ sơ khai theo năm (đặc biệt hồ sơ quyết toán năm) chậm nhất ngày cuối cùng của tháng thứ ba kể từ ngày kết thúc năm dương lịch/năm tài chính; hồ sơ khai theo từng lần phát sinh nghĩa vụ thuế chậm nhất ngày thứ 10 kể từ ngày phát sinh. Ngoài ra, hồ sơ khai thuế theo năm bao gồm tờ khai quyết toán, báo cáo tài chính và các tài liệu liên quan. 

Doanh nghiệp nên kiểm tra kỹ sự phù hợp giữa hợp đồng – hóa đơn – chứng từ thanh toán như cơ sở xác định giá chuyển nhượng, đặc biệt khi giá chuyển nhượng thấp hơn giá đất địa phương; bằng chứng để khấu trừ “giá đất được trừ” khi tính VAT; và việc doanh nghiệp đã tách riêng, không bù trừ sai thu nhập chuyển nhượng bất động sản với thu nhập ưu đãi.

Theo quy định của pháp luật thuế hiện hành, khi thực hiện các thủ tục chuyển nhượng nhà xưởng trong KCN, doanh nghiệp nên chuẩn hóa “bản chất giao dịch” ngay từ thiết kế hợp đồng để xác định rõ có/không chuyển quyền thuê đất hoặc chuyển giao quyền đối với đất. Đồng thời tách rõ giá trị đất – nhà xưởng – máy móc, cũng như các hồ sơ chứng từ hỗ trợ giao dịch để tránh các rủi ro phát sinh trong và sau giao dịch này.  Việc hiểu rõ bản chất giao dịch và chuẩn hóa các giấy tờ ngay từ đầu là chiến lược đúng đắn để thực hiện giao dịch này hiệu quả, nhanh chóng và ít rủi ro.