Thanh tra thuế là hoạt động đánh giá sự tuân thủ quy định pháp luật về thuế của người nộp thuế, giúp cơ quan thuế xác định hành vi vi phạm. Đây là trách nhiệm bắt buộc của doanh nghiệp, vì thế việc khắc phục sai sót về hồ sơ, hóa đơn và kê khai thuế không chỉ giúp tránh bị truy thu, phạt mà còn nâng cao uy tín, ổn định hoạt động kinh doanh. Khi tiến hành thanh tra thuế tại doanh nghiệp, cơ quan quản lý đã chỉ ra hàng loạt sai sót phổ biến đối với các loại thuế như Thuế Giá trị gia tăng (GTGT), Thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN), Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN) và thuế nhà thầu. Những lỗi thường gặp như kê khai hóa đơn không hợp lệ, chi phí không được trừ, không khấu trừ thuế phải nộp và nhiều sai sót khác, dẫn tới truy thu thuế lớn cùng phạt tiền. Trong bài viết này chúng tôi sẽ làm rõ các sai sót này, đồng thời đề xuất khuyến nghị giúp doanh nghiệp khắc phục và phòng tránh các lỗi tương tự trong hoạt động kinh doanh.
Doanh nghiệp có trách nhiệm cung cấp đầy đủ chứng từ kế toán, báo cáo thuế và giải trình khi được yêu cầu; nếu có sai sót, cơ quan thuế sẽ xử lý vi phạm theo quy định.
Tổng quan về thanh tra thuế
Thanh tra thuế là quá trình cơ quan thuế giám sát, xem xét hồ sơ, báo cáo tài chính và các chứng từ kế toán của doanh nghiệp để kiểm tra việc chấp hành Luật Thuế, Nghị định và Thông tư hướng dẫn. Theo Luật Quản lý thuế 2019, cơ quan thuế có thể thanh tra khi có dấu hiệu vi phạm, khiếu nại, tố cáo, hoặc dựa trên phân loại rủi ro của hệ thống quản lý thuế. Kết luận thanh tra thuế được lập sau khi kết thúc cuộc thanh tra tại trụ sở doanh nghiệp và phải nêu rõ sai phạm, căn cứ pháp lý, xử phạt hành chính, truy thu và lãi chậm nộp. Thời gian thanh tra thường tính từ quyết định thanh tra đến khi hoàn tất công việc tại doanh nghiệp. Việc thanh tra có phạm vi đa dạng từ thuế GTGT, TNDN, TNCN, thuế nhà thầu,…. Doanh nghiệp có trách nhiệm cung cấp đầy đủ chứng từ kế toán, báo cáo thuế và giải trình khi được yêu cầu; nếu có sai sót, cơ quan thuế sẽ xử lý vi phạm theo quy định.
Sai sót thường gặp về thuế GTGT
Nhóm sai sót GTGT tập trung vào việc kê khai thuế GTGT đầu vào và đầu ra không đúng quy định. Cụ thể, các lỗi phổ biến bao gồm:
Khấu trừ sai hóa đơn đầu vào: Doanh nghiệp kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hóa đơn không hợp pháp (hóa đơn của đơn vị “ma”, không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký). Trường hợp doanh nghiệp dùng hóa đơn đầu vào từ các đơn vị không hoạt động tại địa chỉ ghi trên hóa đơn là trường hợp không được khấu trừ theo quy định hiện hành. Kết quả, số thuế GTGT phải nộp có thể tăng thêm tùy theo mức không được khấu trừ.
Không thanh toán qua ngân hàng: Kê khai hóa đơn giá trị trên 20 triệu đồng trước đây và nay là 5 triệu đồng nhưng chưa thanh toán qua tài khoản ngân hàng cũng dẫn đến bị loại trừ khi tính thuế đầu vào. Đây là sai sót thường gặp của doanh nghiệp trong quá trình thực hiện các hoạt động kinh doanh.
Lỗi hóa đơn, thuế suất GTGT: Doanh nghiệp thường quên lập hóa đơn khi bán hàng, lập hóa đơn chậm so với thời điểm phát sinh doanh thu, hoặc sử dụng hóa đơn không hợp pháp của tổ chức khác. Các lỗi vi phạm phổ biến gồm lập hóa đơn sai mã số thuế, sai đơn giá, sai thuế suất và dùng hóa đơn đầu vào không hợp pháp. Sai sót này cũng có thể làm giảm số thuế GTGT được khấu trừ, dẫn đến truy thu thuế GTGT và bị xử phạt vi phạm hành chính.
Sai sót thường gặp về thuế TNDN
Sai sót về thuế TNDN thường xoay quanh việc xác định doanh thu tính thuế và chi phí được trừ hợp lý. Các lỗi chính bao gồm:
Chi phí không được trừ: Nhiều doanh nghiệp ghi nhận các khoản chi không đáp ứng điều kiện khấu trừ. Theo quy định hiện hành, chi phí mua hàng hóa, dịch vụ của bên bán không hoạt động hợp pháp và chi lương, thưởng trả cho cá nhân sai tên, không có mã số thuế sẽ bị loại ra.
Chi phí khấu hao vượt trần và lãi vay vượt ngưỡng: Doanh nghiệp cần lưu ý khấu hao ô tô 9 chỗ trở xuống chỉ được trừ trên nguyên giá tối đa 1,6 tỷ đồng[1], chi phí lãi vay vay ngoài không vượt quá 150% lãi suất cơ bản Ngân hàng Nhà nước, và giới hạn 30% EBITDA đối với giao dịch liên kết. Sai sót trong các khoản này khiến chi phí không được trừ.
Doanh thu chưa ghi nhận đầy đủ: Mọi khoản thu nhập chịu thuế khác (lãi tiền gửi, thu nhập từ cổ tức, tiền phạt, xử lý công nợ…) phải được đưa vào doanh thu tính thuế. Bỏ sót thu nhập này là sai sót thường gặp khiến doanh thu chịu thuế bị thiếu.
Chuyển lỗ và ưu đãi thuế: Chuyển số lỗ vượt quá 5 năm hoặc tính ưu đãi thuế không chính xác cũng là lỗi thường gặp của doanh nghệp. Việc ghi nhận khấu hao, chi phí hay doanh thu tại khu vực ưu đãi không đúng quy định (Thông tư 96/2015) sẽ dẫn đến tính sai thuế TNDN.
Nhìn chung, các chi phí bị coi là không hợp lệ sẽ buộc doanh nghiệp tăng lợi nhuận chịu thuế và nộp thêm tiền TNDN.
Sai sót thường gặp về thuế TNCN
Sai sót TNCN thường liên quan đến việc xác định đúng đối tượng và mức thu nhập phải khấu trừ thuế, cụ thể:
Xác định sai đối tượng khấu trừ: Doanh nghiệp nhầm lẫn giữa hợp đồng lao động và hợp đồng dịch vụ. Ví dụ, trả thu nhập cho cá nhân theo hợp đồng vụ việc, hợp đồng dịch vụ mà không khấu trừ 10% thuế TNCN do nhầm là HĐLĐ. Thực tế, nếu không có HĐLĐ thì phải áp mức khấu trừ 10%.
Không cấp mã số thuế cho người lao động: Từ năm 2015, Thông tư 96/2015 quy định mỗi cá nhân chỉ có một mã số thuế duy nhất. Nếu nhân viên không có mã số thuế cá nhân thì các khoản chi phí thuế TNCN phải tự tính, dẫn đến sai sót quyết toán thuế năm. Cơ quan thuế đã chỉ ra rằng việc kê khai sai tên, chưa chuyển đổi mã số thuế người phụ thuộc khiến chi phí lương không được trừ.
Không khấu trừ, kê khai thiếu thuế: Doanh nghiệp có thể quên khấu trừ thuế TNCN của nhân sự nhận thu nhập, thông thường gặp khi trả hoa hồng, tiền công vụ việc, hoặc kê khai tờ khai quyết toán thiếu thu nhập chịu thuế. Chẳng hạn bỏ sót khoản phúc lợi hay thưởng cũng làm sai số thuế phải nộp.
Sai sót về giảm trừ gia cảnh: Ghi danh sai đối tượng người phụ thuộc, vượt mức giảm trừ tối đa hoặc kê khống số người phụ thuộc dẫn đến giảm trừ sai.
Ngành Thuế đã thực hiện thanh tra, kiểm tra tại 18 doanh nghiệp có hoạt động giao dịch liên kết. Nguồn: Báo Chính phủ
Sai sót thường gặp về thuế nhà thầu
Thuế nhà thầu là thuế đối với tổ chức cá nhân nước ngoài cung cấp dịch vụ tại Việt Nam. Đây là lĩnh vực phức tạp, thường phát sinh nhiều sai sót như sau:
Không kê khai hoặc kê khai sai thuế thay nhà thầu: Doanh nghiệp bỏ qua nghĩa vụ kê khai, nộp thuế thay nhà thầu nước ngoài khi sử dụng dịch vụ chịu thuế. Ví dụ, nhập máy móc thiết bị kèm dịch vụ bảo hành, thuê lắp đặt chạy thử của nước ngoài mà chỉ kê khai phần máy. Hoặc vay vốn từ DN nước ngoài trả lãi nhưng không kê khai thuế nhà thầu đối với khoản lãi vay.
Áp dụng Hiệp định thuế sai: Doanh nghiệp tự ý áp dụng miễn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần nhưng không có đủ chứng từ, hồ sơ chứng minh điều kiện.
Tách hợp đồng né thuế: Chia nhỏ hợp đồng để tránh chịu thuế nhà thầu. Chẳng hạn, tách một hợp đồng mua máy móc kèm dịch vụ khác thành hai: một hợp đồng mua bán máy (không chịu thuế nhà thầu) và một hợp đồng dịch vụ (chịu thuế nhà thầu). Trường hợp này, cơ quan quản lý thuế có thể hợp nhất hai hợp đồng để tính thuế.
Sai tỷ lệ tính thuế: Kê khai sai thuế suất GTGT hoặc thuế TNDN của nhà thầu nước ngoài. Doanh nghiệp có thể áp thuế suất không đúng loại hình dịch vụ theo đúng quy định. Thuế nhà thầu gồm thuế TNDN 5% và thuế GTGT 10%. Các sai sót thường gặp là tính thiếu 5% thuế TNDN phải nộp thay hoặc kê khai thiếu 10% GTGT.
Nhìn chung, các sai sót trong kê khai, chứng từ có thể dẫn đến hậu quả tài chính nặng nề cho doanh nghiệp như bị truy thu thuế, tính thêm cả tiền chậm nộp và bị phạt vi phạm hành chính. Hơn nữa, doanh nghiệp có nhiều năm vi phạm sẽ bị tính “tình tiết tăng nặng”. Bêm cạnh đó, rủi ro bị cơ quan thuế đánh giá vào nhóm rủi ro cao khiến bị kiểm soát chặt chẽ hơn như có thể bị tạm dừng giao dịch điện tử, không được gia hạn chữ ký số,….
Để tránh hệ quả trên, theo kinh nghiệm của chúng tôi doanh nghiệp cần chủ động nâng cao tuân thủ thuế, đặc biệt đối với nhân sự và bộ phận phụ trách chính của doanh nghiệp cần phải:
Thứ nhất, rà soát hóa đơn và chứng từ
Kiểm tra tính hợp pháp của hóa đơn đầu vào như có đúng tên công ty, địa chỉ kinh doanh, đã được cơ quan thuế công nhận. Mọi hóa đơn mua hàng phải thanh toán qua ngân hàng nếu giá trị trên 5 triệu đồng (từ ngày 01/07/2025). Không lập hóa đơn chậm trễ hoặc sai thông tin.
Thứ hai, kê khai đúng quy định, nộp báo cáo và đóng thuế đúng hạn
Thường xuyên đối chiếu số liệu hóa đơn đầu vào/ra với hồ sơ kê khai thuế. Đảm bảo nộp đầy đủ, đúng hạn các khoản thuế GTGT, TNDN, TNCN và nhà thầu. Thực hiện tốt kế hoạch tài chính để không chậm nộp thuế, bởi lãi phạt chậm nộp tính rất cao. Nếu có khó khăn tạm thời, doanh nghiệp nên chủ động đề nghị gia hạn nộp thuế theo quy định để tránh biện pháp cưỡng chế.
Thứ ba, lưu hồ sơ và trao đổi, nhận hướng dẫn từ cơ quan thuế
Ghi nhận đầy đủ hóa đơn, hợp đồng, chứng từ thanh toán để giải trình khi cần. Cập nhật các quy định mới về thuế và kế toán. Đào tạo cho kế toán và người làm thuế về các quy định về khấu trừ thuế, thuế nhà thầu, thuế TNCN. Đặc biệt, khi phát hiện sai sót, doanh nghiệp nên chủ động liên hệ với cơ quan thuế quản lý để được hướng dẫn điều chỉnh, tránh để những sai sót thành vi phạm kéo dài. Việc chỉnh sửa các sai sót của doanh nghiệp cũng là một giải pháp giảm nhẹ các rủi ro cũng như biện pháp xử phạt từ cơ quan quản lý thuế.
Thứ tư, hợp tác với cơ quan quản lý thuế của doanh nghiệp
Khi bị kiểm tra, doanh nghiệp nên phối hợp cung cấp hồ sơ đầy đủ, giải trình minh bạch. Việc này giúp rút ngắn thời gian thanh tra và giảm thiểu phạt khi tồn tại sai sót không nghiêm trọng.
Có thể thấy các sai sót về thuế thường gặp nhất của doanh nghiệp là liên quan tới hóa đơn GTGT đầu vào không hợp lệ, chi phí TNDN không đáp ứng điều kiện khấu trừ, cùng vấn đề kê khai thuế TNCN và nhà thầu thiếu sót. Những sai phạm này khi bị phát hiện đều dẫn đến truy thu thuế, phạt tiền. Để tránh các hệ quả nặng nề, doanh nghiệp cần nâng cao ý thức tuân thủ pháp luật thuế. Việc làm này không chỉ giúp giảm thiểu rủi ro bị xử phạt, mà còn góp phần xây dựng uy tín và tạo lập môi trường kinh doanh minh bạch, bền vững cho doanh nghiệp trong bối cảnh các chính sách về thuế đang biến động mạnh mẽ như hiện nay.
[1] Khoản 4 Điều 24 Nghị định 181/2025/NĐ-CP
