Hoàn thuế giá trị gia tăng là một trong những nghiệp vụ quan trọng tại các doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp xuất, nhập khẩu. Tuy nhiên, những câu chuyện về việc doanh nghiệp gặp khó khăn, vướng mắc trong quá trình hoàn thuế giá trị gia tăng vẫn xuất hiện nhiều trên thực tế. Có thể nói rằng việc hoàn thuế giá trị gia tăng có ý nghĩa rất lớn đối với doanh nghiệp, bởi lẽ đối với những doanh nghiệp quy mô lớn, số tiền thuế được hoàn có thể chiếm một tỷ trọng lớn trong dòng tiền của doanh nghiệp.

Hoàn thuế giá trị gia tăng là gì?
Hoàn thuế giá trị gia tăng được hiểu là việc cơ quan Nhà nước trả lại cho đối tượng nộp thuế là doanh nghiệp một khoản thuế mà doanh nghiệp đã nộp thừa vào ngân sách Nhà nước. Hiểu cụ thể hơn là ngân sách Nhà nước trả lại cho doanh nghiệp mua hàng hoá, dịch vụ số tiền thuế mà doanh nghiệp đã đóng trước đó. Số tiền thuế được trả là số tiền thuế đầu vào khi doanh nghiệp trả để mua hàng hoá dịch vụ mà doanh nghiệp chưa được khấu trừ trong kỳ tính thuế hoặc doanh nghiệp không thuộc diện chịu thuế.
Trên thực tế, nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp về xuất, nhập khẩu thường phát sinh số thuế phải nộp ban đầu lớn, do đó, đây cũng là những doanh nghiệp rất quan tâm đến việc hoàn thuế giá trị gia tăng. Tuy nhiên, việc hoàn thuế giá trị gia tăng là một trong những khó khăn, vướng mắc rất lớn của nhiều doanh nghiệp trong suốt những năm qua khi mà có những doanh nghiệp phải chờ một, hai năm hoặc thậm chí là nhiều hơn nhưng vẫn chưa được hoàn thuế giá trị gia tăng do các hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng của doanh nghiệp bị cơ quan thuế từ chối.
Khó khăn trong quá trình hoàn thuế giá trị gia tăng
Có nhiều lý do dẫn đến việc hoàn thuế giá trị gia tăng cho doanh nghiệp bị chậm, trễ. Thực tế cho thấy việc chậm trễ này xuất phát từ những nguyên nhân chính sau đây:
Sự chênh lệch giữa số liệu về thuế
Một trong những lý do phổ biến khiến nhiều doanh nghiệp không thể kết thúc quá trình hoàn thuế là do có sự chênh lệch giữa số liệu về thuế giá trị gia tăng đầu vào hạch toán trong sổ sách kế toán của doanh nghiệp so với số liệu kê khai trên tờ khai thuế giá trị gia tăng.
Cụ thể, nguyên nhân của sự sai lệch này có thể xuất phát từ việc hạch toán trên sổ sách kế toán và kê khai trên tờ khai thuế bị lệch kỳ. Tuy nhiên, trên thực tế điều này cũng không ảnh hưởng đến số thuế đề nghị hoàn và điều kiện được hoàn. Việc chênh lệch tạm thời giữa sổ kế toán và tờ khai thuế hàng tháng là thực tiễn phổ biến của các doanh nghiệp. Trong quá trình hoạt động, doanh nghiệp sẽ thực hiện việc đối chiếu thường xuyên để đảm bảo trong cả kỳ kế toán, số thuế được ghi nhận trên sổ kế toán và trên tờ khai thuế giá trị gia tăng là đồng nhất, dựa trên các chứng từ gốc. Mặc dù vậy, sự chênh lệch này vẫn là lý do để nhiều Cục thuế từ chối hoặc kéo dài thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế. Trong các trường hợp này, hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp thường sẽ không được xử lý dẫn đến việc hoàn thuế không được diễn ra như mong đợi của doanh nghiệp.
Lo ngại về hóa đơn giả mạo và mua bán hóa đơn
Xuất phát từ thực tế nhiều doanh nghiệp sử dụng các hóa đơn giả mạo hoặc của các doanh nghiệp mua bán hóa đơn, dẫn đến việc cơ quan thuế có những danh sách công ty thuộc diện rủi ro về hóa đơn. Trường hợp doanh nghiệp có mua hàng hóa sử dụng dịch vụ của những doanh nghiệp có rủi ro về hóa đơn, việc hoàn thuế giá trị gia tăng cũng sẽ gặp nhiều khó khăn, vướng mắc. Cụ thể, các cơ quan thuế lo ngại rằng những doanh nghiệp này không thực sự sử dụng dịch vụ hoặc mua hàng hóa ở giai đoạn đầu vào mà chỉ sử dụng hóa đơn được phát hành bởi những công ty được thành lập chỉ phục vụ mục đích xuất hóa đơn. Hoặc thậm chí, có những trường hợp sau khi doanh nghiệp mua hàng hóa từ bên bán, sau đó bên bán gặp khó khăn dẫn đến việc chấm dứt hoạt động, những hóa đơn mà doanh nghiệp đã được xuất bởi bên bán cũng thuộc diện phải kiểm tra rất kỹ lưỡng. Nhiều trường hợp trong rất nhiều hóa đơn đầu vào của doanh nghiệp, chỉ có vài hóa đơn của các doanh nghiệp chịu rủi ro về thuế và giá trị của các hóa đơn này rất nhỏ so với tổng số thuế đề nghị hoàn. Tuy nhiên, cơ quan thuế cũng xem xét đối với toàn bộ hóa đơn mà doanh nghiệp đã kê khai. Từ đó dẫn đến việc doanh nghiệp phải giải trình, cung cấp tài liệu chứng minh như hợp đồng, biên bản giao nhận hàng hoá, hóa đơn giá trị gia tăng, chứng từ thanh toán qua ngân hàng,… để chứng minh cho luồng giao dịch hàng hóa, và điều này áp dụng đối với tất cả các hóa đơn mà doanh nghiệp kê khai.
Không kê khai đúng thuế suất của hàng hoá mua vào
Một trong những lý do khác mà cơ quan thuế đưa ra để từ chối hoàn thuế giá trị gia tăng đối với nhiều doanh nghiệp trong thời gian gần đây là việc doanh nghiệp kê khai không đúng thuế suất của hàng hóa mua vào, cụ thể liên quan đến các hàng hóa thuộc đối tượng giảm thuế giá trị gia tăng. Theo chính sách giảm thuế giá trị gia tăng của Nhà nước hiện nay, đối với những hàng hóa thuộc diện giảm thuế giá trị gia tăng nhưng doanh nghiệp không kê khai theo mức thuế suất đã giảm cũng sẽ là vướng mắc khi thực hiện thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng.
Mặc dù việc giảm thuế giá trị gia tăng mang ý nghĩa hỗ trợ rất lớn cho doanh nghiệp, tuy nhiên, quan điểm về mức thuế suất đối với một số loại hàng hóa lại chưa được thống nhất giữa các cơ quan thuế khác nhau. Đơn cử như trường hợp Công ty Millennium Furniture, có trụ sở tại Quảng Ngãi phát sinh các hợp đồng mua sản phẩm mút xốp từ các công ty tại Bình Dương. Các công ty tại Bình Dương khi bán sản phẩm mút xốp đã xuất hóa đơn giá trị gia tăng với thuế suất 10%, do cho rằng sản phẩm mút xốp không thuộc phạm vi điều chỉnh của Nghị định 15/2022/NĐ-CP. Tuy nhiên, khi Công ty Millennium Furniture kê khai hồ sơ để hoàn thuế giá trị gia tăng thì Cục thuế tỉnh Quảng Ngãi đã cho rằng các sản phẩm mút xốp mà Công ty Millennium Furniture đã mua có mức thuế suất là 8%, việc kê khai thuế suất 10% là không phù hợp[1]. Đáng chú ý, việc này xuất phát từ quan điểm khác nhau trong việc xác định mức thuế suất đối với hàng hóa giữa hai cơ quan thuế khác nhau, lại vô tình khiến do doanh nghiệp như Công ty Millennium Furniture phải chịu rủi ro. Trong vụ việc này, số tiền hoàn thuế của Công ty Millennium Furniture lên đến hàng tỷ đồng.

Nguồn: The Saigon Times
Cần sự thay đổi từ cả cơ quan quản lý thuế và doanh nghiệp
Có thể nhận thấy rằng, những vướng mắc trên đang cản trở rất lớn đối với các doanh nghiệp trong việc sớm được hoàn thuế giá trị gia tăng. Điều này không những ảnh hưởng đến quyền lợi chính đáng của doanh nghiệp mà còn gây sụt giảm niềm tin của doanh nghiệp đối với các cam kết của Việt Nam trong việc bảo đảm một môi trường đầu tư kinh doanh minh bạch và ổn định. Có thể hình dung rằng có những doanh nghiệp phải chờ trong rất nhiều năm để giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng những vẫn chưa có kết quả, trong khi nếu việc hoàn thuế giá trị gia tăng diễn ra đúng thời hạn pháp luật quy định, số tiền được hoàn có thể được doanh nghiệp sử dụng để tiếp tục đầu tư kinh doanh, mang lại nguồn lợi lớn cho doanh nghiệp. Việc nguồn lực của doanh nghiệp bị chôn vùi trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng là điều cần phải xem xét kỹ lưỡng. Trong khi đó, đứng ở góc độ doanh nghiệp, chỉ cần doanh nghiệp chậm nộp tờ khai hay chậm nộp thuế, doanh nghiệp đã phải đối diện với nguy cơ bị xử phạt vi phạm hành chính, việc xử phạt chỉ là vấn đề sớm hay muộn. Xét tương quan giữa câu chuyện nghĩa vụ nộp thuế và quyền được hoàn thuế, có thể thấy doanh nghiệp đang phải chịu thiệt thòi nhất định.
Để hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện quá trình hoàn thuế một cách nhanh chóng và thuận lợi, sự thay đổi cần phải xuất phát từ cả doanh nghiệp hoàn thuế và các cơ quan có thẩm quyền liên quan đến việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng.
Đối với cơ quan có thẩm quyền
Thứ nhất, về những trường hợp có sự chênh lệch trong sổ sách kế toán và tờ khai thuế giá trị gia tăng, các cơ quan thuế cần xác định rõ nguyên nhân dẫn đến sự chênh lệch này, dựa trên những giải trình từ doanh nghiệp. Bởi lẽ, việc chênh lệch trong số liệu kế toán là điều không thể tránh khỏi và khi đó, việc xem xét bản chất của sự chênh lệch này là điều cần thiết. Trường hợp doanh nghiệp có những giải trình hợp lý, cơ quan thuế cần xem xét và cân nhắc với những giải trình này.
Thứ hai, đối với những lo ngại về việc doanh nghiệp sử dụng hóa đơn của những công ty rủi ro về hóa đơn. Có thể hiểu rằng, lo ngại này là chính đáng trong giai đoạn hiện nay. Tuy nhiên, cơ quan thuế cần phân loại cụ thể những hóa đơn nào có thể tồn tại rủi ro để yêu cầu doanh nghiệp giải trình đối với những hóa đơn đó thay vì doanh nghiệp phải giải trình toàn bộ những hóa đơn đã kê khai. Hơn nữa, khi xem xét giải trình của doanh nghiệp, cơ quan thuế cũng nên cân nhắc đến những trường hợp doanh nghiệp ngay tình, hay nói cách khác, giao dịch giữa doanh nghiệp và bên bán hàng hóa hoàn toàn có thật. Doanh nghiệp không thể nào kiểm soát được hoạt động của bên bán, do đó, cơ quan thuế nên tập trung vào từng giao dịch của doanh nghiệp hơn là tình trạng chung của bên bán.
Thứ ba, về mức thuế suất của hàng hóa, dịch vụ, nếu để doanh nghiệp phải chịu rủi ro chậm hoặc không được hoàn thuế với lý do xác định không đúng mức thuế suất là điều thiệt thòi cho doanh nghiệp. Bởi lẽ các cơ quan thuế hoàn toàn có thể trao đổi nội bộ để thống nhất cách xác định mức thuế suất dựa trên quy định pháp luật. Từ đó có hướng giải quyết phù hợp nếu doanh nghiệp xác định chưa đúng thuế suất.
Đối với doanh nghiệp
Ở góc độ của mình, doanh nghiệp cũng cần lưu ý một số nội dung để tránh gặp phải những vướng mắc như trên. Cụ thể, doanh nghiệp nên rà soát việc kê khai số liệu của mình giữa hồ sơ kế toán và hồ sơ đã kê khai với cơ quan thuế. Hạn chế đến mức thấp nhất việc sai sót, chênh lệch số liệu giữa các hồ sơ.
Đối với các giao dịch mua hàng hóa, cần thu thập, lưu trữ đầy đủ những tài liệu cần thiết nhằm chứng minh giao dịch này là có thật. Hơn nữa, trước khi giao dịch, doanh nghiệp cũng cần tìm hiểu qua về đối tác của mình, hạn chế giao dịch với những doanh nghiệp có rủi ro về hóa đơn.
Cuối cùng, trong quá trình kê khai thuế hoặc các hoạt động khác về thuế, doanh nghiệp nên tham vấn ý kiến của cơ quan thuế, công ty luật, Luật sư, những người có chuyên môn về thuế để có được hướng xử lý phù hợp nhất tại từng thời điểm, nhằm tránh rủi ro không được hoàn thuế hoặc bị trì hoãn việc hoàn thuế gây nên rất nhiều khó khăn cho hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp.
Xem thêm tại: Để việc hoàn thuế GTGT được thuận lợi
Luật sư Nguyễn Nhật Dương
Công ty Luật HM&P
[1] https://thesaigontimes.vn/doanh-nghiep-van-gap-kho-voi-chinh-sach-giam-thue-gia-tri-gia-tang/ , truy cập lần cuối vào ngày 14/10/2024.
